A la suite du développement ferroviaire durant la seconde moitié du XIXe siècle, le quartier de la gare de Montpellier se développe. La création d’une chapelle, sur le périmètre paroissial de l’église Saint-Denis, dédiée à saint François de Sales et à saint François d’Assise, est entérinée par l’Évêque de Montpellier en 1876. La première pierre est posée la même année.

C’est monsieur Cassan, à qui l’on doit aussi l’église Sainte-Anne, qui est chargé de la réalisation du projet (ce qui explique en partie le destin similaire des deux édifices).

La chapelle est bénie en 1878, alors qu’elle n’est pas encore achevée. Les travaux se poursuivent laborieusement pendant les décennies qui vont suivre. En 1901, pour les 25 ans de l’église, les travaux ne sont toujours pas terminés, même si les deux clochers sont enfin en place et le porche achevé.

En 1902, Charles Michel-Merklin propose un devis à la paroisse pour un orgue neuf, mais il n’est pas donné suite à celui-ci. Il existe une gravure du projet qui permet de voir de quelle façon la forme du buffet aurait permis de préserver la rosace.

Entre 1908, un projet d’agrandissement de l’édifice est établi, transformant la déjà grande chapelle en église. En 1910, lors de l’inauguration, il est annoncée la création de la paroisse des Saints-François.

En 1922, un ouragan emporte la statue du fronton ; cette statue ne sera jamais remplacée.

En 1948, l’église accueille un orgue Joseph Merklin vendu d’occasion par Maurice Puget de la manufacture Théodore Puget. L’instrument, qui a probablement été construit entre 1872 et 1879, n’a plus ses tuyaux, et Maurice Puget livre un orgue avec des jeux d’une qualité très médiocre. L’origine de cet instrument est inconnue.

Il est possible qu’il s’agisse de l’ancien orgue de la salle Molière à Montpellier (située au dos de l’opéra), mais cette hypothèse est disputée puisque la même origine est proposée pour l’ancien orgue de l’église Sainte-Anne, et ce que l’on sait du buffet de l’orgue de la salle Molière à cette époque ne correspond à celui d’aucune des deux églises. La composition est particulièrement étrange pour un orgue de 24 jeux, puisqu’on y trouve à la pédale un Quintaton de 32’.

En 1984, les deux flèches et les clochers de l’église sont déposés car elles menacent de s’effondrer : des pierres sont tombées sur la voie publique.
En 1988, l’orgue est en mauvais état. Un relevage est opéré par Marc Cinquin. Malheureusement, l’église ayant été construite sur le ruisseau des Aiguerelles, dans un béton de mauvaise qualité, elle devient dangereuse : les fondations ne sont plus fiables et des parties du toit tombent régulièrement. Un projet de démolition de l’église en vue d’en construire une nouvelle est acté. L’édifice est définitivement fermé au culte en 1994, puis démoli l’été 1995.

Entre temps, Marc Cinquin a procédé au démontage de l’orgue. Il est rapidement décidé qu’il n’y a aucun intérêt à reconstruire l’instrument et qu’il est préférable d’envisager un nouveau projet. L’Association des Amis de l’Orgue des Saints-François est créée dans ce but.

L’église actuelle accueille sa première messe pour Noël 1996. À cette date, les offices sont accompagnés par un instrument électronique, jusqu’à l’installation temporaire d’un petit orgue de trois jeux (un clavier, tirasse permanente) du facteur Gérald Guillemin. Puis l’église accueille l’orgue personnel du Père Jacques Bétoulières, un instrument de ce même facteur (9 jeux sur 2 claviers pédalier) qui cherchait un lieu d’accueil après la fermeture de la chapelle Saint-Charles. Cet instrument se trouve maintenant dans la chapelle de l’ensemble paroissial Sainte-Bernadette.

À la conception de l’église, il est initialement imaginé que l’orgue se trouvera en tribune, comme l’était l’ancien. La dalle de béton qui doit accueillir l’instrument n’est pas solidaire de la structure du bâtiment afin que l’orgue ne souffre pas des vibrations induites par la circulation. Mais l’emplacement se révèle trop chaud l’été lorsque le soleil frappe la grande verrière. Aussi, cet emplacement est rapidement oublié, permettant à l’église d’accueillir l’immense vitrail de la Création sans risque qu’un instrument ne s’élève devant. Le nouvel instrument sera finalement installé de plein pied dans l’église, ce qui, en même temps, lui assure une plus grande présence dans l’église.

Sources :
Montpellier – Paroisse des Saints-François – Histoire de son église 1875-1984, Raphaël Paycheng, 1984
Orgues en Languedoc-Roussillon – Hérault, ARAM – LR/EDISUD, 1988
Archives des Amis de l’Orgue des Saints-François
Archives familiales personnelles de la famille Parguel-Dulac
Archives personnelles de Frédéric Muñoz